PubChem est une base de données "open access" de structures chimiques, gérée par le NCBI (National Center for Biotechnology Information. Elle permet de retrouver des informations sur la structure, les structures apparentées et l'activité biologique des petites molécules organiques.
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Thomson Scientific a mis à disposition des données structurelles relatives à 2,2 millions de composés chimiques mentionnés dans les bases Thomson Pharma (Current Drugs, certains sous-ensembles des bases Derwent, etc.). Seules, les données sur la structure et les caractéristiques physico-chimiques sont accessibles sur PubChem. La base de données peut être interrogée sur le base de mots-clés, de propriétés chimiques ou par comparaison de structure. Elle comporte également un lien vers les références de PubMed et vers le thésaurus MesH.
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