Après avoir subi un grand nombre d'examens médicaux et autres tests cognitifs, Tetsuo parvient à s'enfuir de l'hôpital. Il a entre-temps entendu parler d'un certain " Akira" dont il lui tarde de faire la connaissance. De leur côté, Kaneda et Kei essaient de s'échapper du complexe militaire où ils ont été faits prisonniers.
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Mais un groupe clandestin de guérilla tente alors de mettre à jour les secrets détenus par l'armée...